按照CIOMS Ⅲ类别的频率(安慰剂-对照研究：拜唐苹N=8595；安慰剂=7278；截止至2006年2月10日)，基于临床研究的药物不良反应如下：
在同一频率分组中，不良反应事件是按照严重程序降低排序。
多见 发生率≥10%
常见 发生率≥1%＜10%
少见 发生率≥0.1%＜1%
罕见 发生率≥0.01%＜0.1%
未知 不良反应仅在上市后监测中确定(截止至2005年12月31日)，且发生率不能评估。
| 系统器官分类 | 多见 | 常见 | 少见 | 罕见 | 未知 |
| 血液和淋巴系统异常 | | | | | 血小板减少 |
| 免疫系统异常 | | | | | 过敏反应(皮疹，红斑，荨麻疹) |
| 血管异常 | | | | 水肿 | |
胃肠道
异常 | 胃肠胀气 | 腹泻，胃肠道和腹部疼痛 | 恶心呕吐消化不良 | | 不完全肠梗阻、肠梗阻或肠壁囊样积气症 |
| 肝胆异常 | | | 肝酶
升高 | 黄疸 | 肝炎 |
另外，特别是在日本还有病例观察到肝异常，肝功能异常和肝损伤。
在日本发现个别患者发生爆发性肝炎而死亡，但是否与拜唐苹有关还不明确。
如果不遵守规定的饮食，则胃肠道副作用可能加重。
如果控制饮食后仍有严重的不适症状，应咨询医生并且暂时或长期减小剂量。
在接受阿卡波糖每日150至300mg治疗的患者中，观察到个别患者发生与临床有关的肝功能检查异常，但这种异常在阿卡波糖治疗过程中是一过性的(超过正常高限3倍，参考注意事项部分)。