基于静脉内使用磷酸氟达拉滨的经验，最常见的不良反应有骨髓抑制(白细胞减少、血小板减少和贫血)、发热、寒战和包括肺炎的感染。其它常见的报告事件包括水肿、不适、疲倦、虚弱、周围神经病变、视力障碍、食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、胃炎和皮肤皮疹。磷酸氟达拉滨治疗的患者中出现过严重的机会性感染。已经有引起死亡的严重不良事件的报导。最常报告的不良事件和与药物明显相关的不良反应按人体系统分类列出如下。它们的发生频率(常见≥1%，少见≥0.1%但<1%)是依据临床试验的资料，而没有考虑与磷酸氟达拉滨的因果关系。罕见的不良事件(<0.1%)的发现主要来自上市后的经验。
1.全身：常见报告有发热、寒战、感染、不适、虚弱和疲倦等症状。
2.血液和淋巴系统：在应用磷酸氟达拉滨治疗的大多数病例中都有血液学改变(白细胞减少、血小板减少和贫血)的报告。骨髓抑制可以是严重和有累积效应的。磷酸氟达拉滨长时间减少T淋巴细胞计数的作用可以导致机会性感染的危险性增加，机会性感染包括由于潜伏病毒的活化，如进行性多灶性脑白质病。在罕见的病例中，曾经描述过接受磷酸氟达拉滨治疗的患者发生过骨髓增生异常综合征(MDS)。这些患者大部分以前，同时或者随后接受过烷化剂或者放射治疗。磷酸氟达拉滨的单独治疗与MDS发生的风险增高无关。
在接受磷酸氟达拉滨治疗的患者中，少见有显著的自身免疫疾病的临床表现(见【注意事项】)。
3.代谢与营养异常：在接受磷酸氟达拉滨治疗的患者中有肿瘤溶解综合症的报告，这一合并症可包括高尿酸血症、高磷酸血症、低钙血症、代谢性酸中毒、高钾血症、血尿、尿酸结晶尿症和肾衰。胁腹疼痛和血尿可以是该综合征的首发症状。
4.常见有水肿的报告。
5.肝脏和胰腺酶水平的改变少见。
6.神经系统：昏迷和焦虑不安罕见，精神混乱少见，外周神经病变常见。
7.特殊感觉：磷酸氟达拉滨治疗的患者常见报告视觉障碍。罕见病例出现过视神经炎、视神经病变和失明。
8.呼吸系统：常见肺炎发生与磷酸氟达拉滨治疗有关。伴有呼吸困难和咳嗽症状的对磷酸氟达拉滨肺过敏反应(肺浸润/肺炎/肺纤维化)少见。
9.消化系统：胃肠紊乱，如恶心、呕吐、食欲不振、腹泻和胃炎常见。有报告用磷酸氟达拉滨治疗的患者发生主要与血小板减少相关的胃肠道出血。
10.心血管系统：在磷酸氟达拉滨治疗的病患者中，罕见有发生心衰和心律失常的病例报导。
11.泌尿生殖系统：用磷酸氟达拉滨治疗的患者，罕见有出血性膀胱炎的报告。
12.皮肤及其附属器：用磷酸氟达拉滨治疗的患者，皮肤皮疹常见报导。
13.罕见的病例发生Stevens－Johnson综合症或毒性表皮坏死溶离(Lyell's综合症)。