●血液系统
吉西他滨具有骨髓抑制作用，应用后可出现贫血、白细胞降低和血小板减少。骨髓抑制常常为轻到中度，多为中性粒细胞减少。血小板减少也比较常见。发热性中性粒细胞减少症也常有报告。
●血管
与周围性血管炎和坏疽相关的临床表现报告极少。
●肝脏
可观察到肝功能指标的变化，包括谷草转氨酶(AST)、谷丙转氨酶(ALT)、γ-谷氨酰胺转肽酶(GTT)和碱性磷酸酶的升高，而胆红素水平的变化则鲜有报告。肝功能异常十分常见，但是往往为轻度、一过性的，仅有极少数需要终止化疗。尽管如此，肝功能受损的病人使用吉西他滨应特别谨慎。
●消化道
恶心，有时伴呕吐。20%的病人需药物治疗，极少需要减少用药剂量，并且很容易用抗呕吐药物控制。有腹泻和粘膜炎样口腔毒性的报告。
●肺
在用药后数小时内病人可能会发生呼吸困难。这种呼吸困难常常持续短暂、症状轻，几乎很少需要减少用药剂量，大多无需特殊治疗即可消失，其发病机制不清，与吉西他滨的关系也不清楚。如果已知患者对吉西他滨过敏，就不应该再给予此药。
在使用吉西他滨治疗期间，有发生肺水肿，间质性肺炎和不明原因的成人呼吸窘迫综合症(ARDS)的病例报告。一旦发生，应停止使用吉西他滨治疗。早期采用支持治疗措施可能有助于缓解病情。
●肾脏：
近一半的病人用药后可出现轻度蛋白尿和血尿，但极少伴有临床症状。通常不伴有血清肌酐与尿素氮的变化。然而，报告有部分病例出现不明原因的肾衰。未观察到累积性的肾脏毒性(参照【注意事项】)。
在使用吉西他滨的患者中可见有类似溶血性尿毒症综合症(HUS)的临床表现。若有微血管病性溶血性贫血的表现，如伴血小板减少症的血色素迅速下降，血清胆红素、肌酐、尿素氮、乳酸脱氢酶上升，应立即停药。有时停药后，患者肾功能损伤可能为不可逆的，则应给予透析治疗。
●过敏：
可有皮疹并伴瘙痒。通常皮疹轻度，无需减少用药剂量，局部治疗有效。极少报道有脱皮，水泡和溃疡。
滴注吉西他滨过程中病人有时可发生支气管痉挛。痉挛一般为轻度且持续短暂，但可能需要胃肠道外的给药治疗。已知对本药高度敏感的病人应严禁使用。严重过敏反应罕见。
●心脏
曾有低血压的病例报告。有的研究报告有心肌梗塞、充血性心力衰竭及心律失常(特别是室上性心律失常)发生。
水肿/周围性水肿的报告十分常见。
●皮肤和其它相关毒性：
皮疹十分常见，通常皮疹是轻度的。皮疹经常与瘙痒相关。
有报告经连续的放射治疗和吉西他滨治疗后，在以前放疗过的部位出现严重的皮肤和皮肌炎类型的肌肉病征。
严重的皮肤反应，包括剥脱性皮炎和大疱性皮损，均很少报告。
脱发(通常是轻度的)也常有报告。
●其它
严重的流感样症状罕见，大多症状较轻，短暂，且无需减少用药剂量。发热、头痛、背痛、寒战、肌痛、乏力和厌食是最常见的症状，咳嗽、鼻炎、不适、出汗和失眠也有发生。有些仅表现为发热和乏力。此类症状的发病机制尚不清楚，有报告证实水杨酸类药物可减轻症状。
可发生周围性水肿。面部水肿少见。水肿常常是轻到中度、几乎不影响用药剂量，部分病人伴有局部疼痛、停止用药(吉西他滨)后常自行逆转。引起这种毒性的机制尚不清楚，没有任何证据表明与心脏、肝、肾功能受损有关。
亦常见嗜睡的不良反应报道。
●损伤、中毒和操作中出现的并发症：曾有过放射记忆反应的报告。