兰索拉唑常见的(1%-10%)不良反应为腹泻、口干、恶心、口舌炎、味觉异常、头晕、头痛等，其它可能出现的不良反应还包括：
1.过敏反应：偶见(0.1%-1%)有皮疹、瘙痒等不良反应，如出现前述症状须停止用药。发生罕见的全身皮疹，面部浮肿、呼吸困难、休克等(<0.1%)严重不良反应，应停药并进行适当处理，并密切观察。
2.血液系统：偶见贫血、白细胞减少、嗜酸性粒细胞增多和血小板减少；罕见全血细胞减少、粒细胞缺乏、溶血性贫血等严重不良反应，应密切观察，停药并进行适当处理。
3.消化系统：偶见腹泻、腹胀、腹痛、呕吐、食欲不振、念珠菌病或结肠炎，及ALT、AST、ALP、LDH、γ-GTP升高等现象。如发生罕见的黄疸伴有肝酶升高的严重肝功能障碍，应停药并进行适当处理，并密切观察。
4.精神神经系统：偶有嗜睡等症状。罕见抑郁、失眠、震颤等不良反应发生。
5.其它：偶有发热、总胆固醇、尿酸升高等不良反应；罕见男性乳房女性化、水肿、倦怠、舌、口唇或四肢麻木、肌肉痛或脱发；也有发生视觉模糊、乏力或关节痛的报告。
使用兰索拉唑还可引起罕见的间质性肺炎(<0.1%)。如出现发热、咳嗽、呼吸困难、肺音异常(捻发音)等，应进行胸部X线检查并停药，给予皮质激素等治疗。也可引起间质性肾炎(发病频率未知)，部分病例发生急性肾功能衰竭，故须密切注意肾功能检测(血尿素氮、肌酐增加)，一旦发生异常，应立即停药并进行适当处理。
有报道患者服用同类药物奥美拉唑后，出现视觉障碍。