1.对抗逆转录病毒药物的影响
不推荐阿扎那韦或奈非那韦与质子泵抑制剂联用。阿扎那韦或奈非那韦与质子泵抑制剂联用，预期可大量减少阿扎那韦或奈非那韦的血浆浓度，可导致治疗效果减少和耐药。
2.抗凝血剂
上市后报告，患者联用质子泵抑制剂(包括泮托拉唑钠)和华法林，可增加国际标准化比率(INR)和凝血酶原时间。INR和凝血酶原时间增加，可导致异常出血，甚至死亡。患者联用质子泵抑制剂和华法林，需因INR和凝血酶原时间的增加，进行监测。
3.胃酸可影响其生物利用度的药物
泮托拉唑可对胃酸分泌长期持续抑制，因此，当胃PH值为药物生物利用度的重要因素时，泮托拉唑可影响其吸收(如酮康唑、氨苄青霉素和铁盐)。
4.尿检THC可呈假阳性
有报道使用质子泵抑制剂的患者，尿检THC时，呈假阳性。应考虑选择确证的方法，以证实阳性结果。